2017-04-19 2886 0

分子模拟过程出现段错误的原因有几个： 盒子太小，所计算的能量等消失导致段错误，重新设置盒子大小后再次模拟即可 内存超出范围导致段错误 步长过大导致段错误(案例：10W步中途段错误，改成5W步不出现错误） ...

2017-04-12 5316 0

基本步骤： 用vmd的扩展工具新建膜（支持POPC/POPE），设置大小，然后输入膜的名称（membrane）。 把蛋白质文件（PDB）拉到vmd中，用vmd的psfgen工具生成protein.psf文件。我用的是VMD里面扩展工具自动生成。 把生成后的蛋白质和膜组合，移动到合适的位置。 保存膜...

2017-04-04 1396 0

vi 命令是用来在终端编辑文件的，用vim是vi的升级版，直接用 vim代替vi更好。下面说说几个常用的vi命令： 1.vim [文件名] 这命令是编辑某个文件的，如果没有该文件则会创建一个新的文件。比如我要编辑topol.top文件：vim topol.top 回车后进入vim文件编辑窗口。 2.在vim 中按键盘的‘i’键后进入“编辑/插入”状态，此时可以编辑修改你的文件或者新建...

2017-03-28 1198 0

在linux安装或者更新软件的时候出现： E: 无法获得锁 /var/lib/dpkg/lock - open (11: 资源暂时不可用) E: 无法锁定管理目录(/var/lib/dpkg/)，是否有其他进程正占用它？ 问题。 是由于 /var/lib/dpkg/lock 这个出问题啦，执行删除后再次尝试即可。 sudo rm -rf /...

2017-03-26 2152 0

最近玩多了linux，在window系统玩cmd感觉有点麻烦，命令不自动补全，于是找了些方法，测试后果然管用了。 就是修改注册表的值： 打开注册表：运行》regedit 然后找到：HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Command Prosessor\CompletionChar ...

2017-03-26 1415 0

为了方便将CMD命令提示符设置为右键菜单。这样减少了目录的到处切换的尴尬。 首先新建一个“.reg"注册表文件，里面的内容是： Windows Registry Editor Version 5.00 [HKEY_CLASSES_ROOT\Folder\shell\命令提示符] [HKEY_CLASSES_ROOT\Folder\shell\命令提示...

2017-03-26 1187 0

cmd命令大全（第一部分） 　　winver---------检查Windows版本  　　wmimgmt.msc----打开windows管理体系结构(WMI)  　　wupdmgr--------windows更新程序  　　wscript--------windows脚本宿主设置  　　write----------写字板  　　...

2017-03-26 2564 0

VMD是可视化常用的工具。 对盒子的操作： 1.打开vmd的安装目录； 2.找到vmd.rc文件，在文件中添加一行“source vmd_draw_unitcell.tcl”；（C盘的话有可能不能写入，最好复制到桌面，修改完直接粘贴到文件路径下覆盖即可） 3.设置盒子参数，如边长为60,60,60 则在命令窗口输入“moli...

2017-03-26 6614 0

VMD的console是十分强大的，也提供了很多内置命令，这里把当年研究VMD内置命令的笔记的一小部分发上来。和user guide有相似之处，但是我都尽量写成例子的形式来说明，绝大部分都是亲自试过的。可能当时有些地方写的不准确，也不完整，但是现在也懒得check了。有疑问还是对照user guide中的严格说法。   *****一些额外内容***** VMD里面所有行为，都可...

2017-03-26 1376 0

简介 robots.txt文件是一个文本文件，使用任何一个常见的文本编辑器，比如Windows系统自带的Notepad，就可以创建和编辑它[1]  。robots.txt是一个协议，而不是一个命令。robots.txt是搜索引擎中访问网站的时候要查看的第一个文件。robots.txt文件告诉蜘蛛程序在服务器上什么文件是可以被查看的。 ...