用gromacs直接组合完整的分子的这样也很好用，只是有些出到周期边界了，需要VMD结合使用。
gmx trjconv -s npt.tpr -f prod.xtc -o prod_whole.xtc -pbc whole
使用VMD的pbc命令显示完整分子
VMD提供了一个pbc命令, 也可用于对体系的PBC进行处理. 如果只是用于论文作图, 使用这个命令可能比上面的方法更简单.
基本命令是
pbc wrap -compound res -all
pbc box
你也可以同时对盒子进行平移, 以将分子显示在盒子中央(注意, 平移是以盒子长度为单位的)
pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel {0.0 -0.5 0.0}
pbc box -shiftcenterrel {0.0 -0.5 0.0}
如果溶质分子的原子类型都是1, 你可以使用下面的命令使其在盒子中居中
pbc wrap -sel type=1 -all -centersel type=2 -center com
更复杂的一个命令
pbc wrap -center com -centersel protein -compound fragment -all
详细说明请参考其文档