2017-05-31 4902 0

在模拟完成后经常因为分子超出边界而导致分子不完整，那么gmx trjconv可以保持分子的完整性。 gmx trjconv也可以将模拟补数设置为ns，fs，ms等时间单位，方便观察。运行gmx trjconv -h可以查看相关设置。 用法：gmx trjconv -f product.xtc -o pbc-ns.xtc  -tu ns  -pbc ...

2017-04-26 10827 0

因为要用分子动力学研究我们的分子如何运作的，那么我们就需要对过程进行分析。我们一般用最终的gro文件和xtc轨迹文件进行动态分析。而将一段一段的轨迹（各个阶段的平衡轨迹和产品轨迹）下载下来后慢慢载入这样比较慢，也很麻烦。gromacs的设计者们提供了一个很方便的命令，就是gmx grjcat（5.0x版本以上）命令，这个命令可以将各个阶段的xtc组合成一个，然后用合并的就可以全程分析 了，多...

2017-04-26 3046 0

正常结束模拟后，如果觉得模拟时间让人觉得不够长时，可以使用tpbconv写一个延长模拟的tpr文件，一般格式如下： tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -extend 1000 -o newtopol.tpr 1000表示延长步数 5.0.x 用的是gmx convert-tpr命令 example:   ...

2017-05-03 11876 0

用gromacs直接组合完整的分子的这样也很好用，只是有些出到周期边界了，需要VMD结合使用。 gmx trjconv -s npt.tpr -f prod.xtc -o prod_whole.xtc -pbc whole 使用VMD的pbc命令显示完整分子 VMD提供了一个pbc命令, 也可用于对体系的PBC进行处理. 如果只是用于论文作图...

2017-04-24 2459 0

在分子模拟结束后要某部分的动态过程或者质子化系统，可以用gmx gprotonate （不适合5.1.x版本）实现： 案例：  gmx protonate -s step7_production.tpr -n index.ndx -f step7_production.xtc -o protein.gro 接下来我里面有protein、membrane、solva...

2017-04-20 3095 0

1 of the 4956 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.4 nm) or the two-body cut-off distance (1.4 nm), see o...

2017-04-21 4545 0

由于分子动力学模拟过程比较长，经常会因为计算机出现问题（断电、程序出错、人为错误等），这样我们在运算的就会终止。 尤其是等我们运行几个小时的运算，突然终止对我们来说是非常恶心的。你想想，又要重头是多么恼火的事情啊。 gromacs团队已经考虑到这个问题了，所以呀可以在计算机恢复正常后继续接着运行，这就方便多了。 在mdrun -deffnm xxx ...

2017-04-19 2981 0

分子模拟过程出现段错误的原因有几个： 盒子太小，所计算的能量等消失导致段错误，重新设置盒子大小后再次模拟即可 内存超出范围导致段错误 步长过大导致段错误(案例：10W步中途段错误，改成5W步不出现错误） ...

2017-03-26 6703 0

为了方便使用可视化软件查看模拟的结果，经常需要将结果合并成pdb等文件，然后用shell远程下载文件后查看。 用trjconv 命令合并生产文件，-s 输入tpr能量文件，-f 输入xtc文件，最后-o表示输出文件。-pbc 后面的 是表示读取里面的数据，后面需要选择，命令如下： trjconv -s dppc-md.tpr -f dppc-md.x...

2017-03-06 2505 0

尴尬的事总会发生，我说说我在自己电脑安装gromacs的尴尬事情： 首先是各种尝试安装始终失败，不管是ubuntu 还是centos7，又或者linux mint 等，结果都失败了，不是FFTW问题就是CMAKE或者环境配置问题。 好不容易安装好了gromacs5.0.6，然后进行测试，结果出现一堆错误，都是amd的问题！ 将 -DGMX-...