【经典语录】 成功的关键在于相信自己有成功的能力。
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活到老学到了，我也不怕你笑——Brisklan。
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vmd 做膜
用vmd做膜可以之间用扩展进行，也可以用命令进行，比如我用命令 membrane -l POPE -x 46 -y 46 -o membrane -top c36 这里用了POPE脂质，x和y的长度为46，输出膜的名字是membrane（默认也是这个），用的是c36这个top文件 大概一会就生成膜了。 这个是使用说明： ...
用VMD生成脂质膜并插入蛋白质
基本步骤： 用vmd的扩展工具新建膜（支持POPC/POPE），设置大小，然后输入膜的名称（membrane）。 把蛋白质文件（PDB）拉到vmd中，用vmd的psfgen工具生成protein.psf文件。我用的是VMD里面扩展工具自动生成。 把生成后的蛋白质和膜组合，移动到合适的位置。 保存膜...
VMD学习记录
VMD是可视化常用的工具。 对盒子的操作： 1.打开vmd的安装目录； 2.找到vmd.rc文件，在文件中添加一行“source vmd_draw_unitcell.tcl”；（C盘的话有可能不能写入，最好复制到桌面，修改完直接粘贴到文件路径下覆盖即可） 3.设置盒子参数，如边长为60,60,60 则在命令窗口输入“moli...
VMD命令大全（转）
VMD的console是十分强大的，也提供了很多内置命令，这里把当年研究VMD内置命令的笔记的一小部分发上来。和user guide有相似之处，但是我都尽量写成例子的形式来说明，绝大部分都是亲自试过的。可能当时有些地方写的不准确，也不完整，但是现在也懒得check了。有疑问还是对照user guide中的严格说法。 *****一些额外内容***** VMD里面所有行为，都可...