下面是gromacs tutorial的全部命令
gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce然后选择15 也就是OPLS-AA/L这个。命令大概是-f引入文件，-o输入文件，后面-water是选择水分子。
第二页是用vi命令查看文件的，查看里面的情况，可以跳过，提醒一下vi中q!是强制退出不修改，wq是保存退出。查看的话建议用：q!
gmx editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic这是用editconf命令，同样有引入和输出步骤，输出新的盒子，-C大概是表示中心，-d是最小的距离，-bt是盒子的类型
gmx solvate -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top这一步大概是往我们新建的盒子里面填充东西，-p是输出拓扑文件，具体看官网的英文内容
gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr注意了，这里的ions.mdp是需要自己编辑的，也就是自己写入，从官网复制内容后进行编辑保存。否则会提示输出错误或者文件找不到。
gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8这也算先引入文件，然后生成文件，你会发现topol.top会经常使用，后面是加离子，为了平衡呗
gmx grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr这里又有一个新的文件（minim.mdp）需要动手敲上去了。里面的参数从官网copy下来。输入em.tpr能量文件
gmx mdrun -v -deffnm em
gmx energy -f em.edr -o potential.xvg输入"10 0"生成图像了，用xmgrace命令可以查看这个potential.xvg图像，远程就别想看了，都是曲线
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr这里又一个要动手的文件来了
gmx mdrun -deffnm nvt
Using 1 MPI thread Using 4 OpenMP threads starting mdrun 'LYSOZYME in water' 50000 steps, 100.0 ps. Writing final coordinates. Core t (s) Wall t (s) (%) Time: 2289.235 574.126 398.7 (ns/day) (hour/ns) Performance: 15.049 1.595 gcq#53: "And It Goes a Little Something Like This" (Tag Team)
gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg这里输入"15 0"注意空格，选择温度就行了。。
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr这里的npt.mdp需要手动建立，内容在官网找
gmx mdrun -deffnm npt
Command line:
gmx mdrun -deffnm npt
Reading file npt.tpr, VERSION 5.0.7 (single precision)
Changing nstlist from 10 to 20, rlist from 1 to 1.029
Using 1 MPI thread
Using 4 OpenMP threads
starting mdrun 'LYSOZYME in water'
50000 steps, 100.0 ps.
Writing final coordinates.
Core t (s) Wall t (s) (%)
Time: 2353.362 590.537 398.5
(ns/day) (hour/ns)
Performance: 14.631 1.640
gcq#354: "I like to wait, then I feel like I do something" (Carl Caleman) 
是不是发现有点规律了，这就对了！gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg曲线图又要出来了，这是"16 0"
gmx energy -f npt.edr -o density.xvg上面的感觉不行，然后重新选择，density，好像是"22"然后输入0进行终止
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr嗯！这里的md.mdp也要自己找，自己弄
gmx mdrun -deffnm md_0_1
Command line: gmx mdrun -deffnm md_0_1 Reading file md_0_1.tpr, VERSION 5.0.7 (single precision) Changing nstlist from 10 to 20, rlist from 1 to 1.03 Using 1 MPI thread Using 4 OpenMP threads starting mdrun 'LYSOZYME in water' 500000 steps, 1000.0 ps. Writing final coordinates. Core t (s) Wall t (s) (%) Time: 23109.061 5801.358 398.3 1h36:41 (ns/day) (hour/ns) Performance:感觉有规律就对了
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.25这可不是命令了，这是说明，虽然官方显示是代码命令，反正错过就懂了。这一页后面的那几个命令是另一个gromacs版本的，不用理会，不然会报错，我的选择的跳过
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact
Select group for output
Group 0 ( System) has 38790 elements
Group 1 ( Protein) has 1960 elements
Group 2 ( Protein-H) has 1001 elements
Group 3 ( C-alpha) has 129 elements
Group 4 ( Backbone) has 387 elements
Group 5 ( MainChain) has 517 elements
Group 6 ( MainChain+Cb) has 634 elements
Group 7 ( MainChain+H) has 646 elements
Group 8 ( SideChain) has 1314 elements
Group 9 ( SideChain-H) has 484 elements
Group 10 ( Prot-Masses) has 1960 elements
Group 11 ( non-Protein) has 36830 elements
Group 12 ( Water) has 36822 elements
Group 13 ( SOL) has 36822 elements
Group 14 ( non-Water) has 1968 elements
Group 15 ( Ion) has 8 elements
Group 16 ( CL) has 8 elements
Group 17 ( Water_and_ions) has 36830 elements
这是Analysis阶段，这一步选择0（"System"）
gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns同样是输入输出，但是意义可是不一样的，具体看官网的文档。这里选择"Backbone"
gmx rms -s em.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd_xtal.xvg -tu ns
Select group for RMSD calculation
Group 0 ( System) has 38790 elements
Group 1 ( Protein) has 1960 elements
Group 2 ( Protein-H) has 1001 elements
Group 3 ( C-alpha) has 129 elements
Group 4 ( Backbone) has 387 elements
Group 5 ( MainChain) has 517 elements
Group 6 ( MainChain+Cb) has 634 elements
Group 7 ( MainChain+H) has 646 elements
Group 8 ( SideChain) has 1314 elements
Group 9 ( SideChain-H) has 484 elements
Group 10 ( Prot-Masses) has 1960 elements
Group 11 ( non-Protein) has 36830 elements
Group 12 ( Water) has 36822 elements
Group 13 ( SOL) has 36822 elements
Group 14 ( non-Water) has 1968 elements
Group 15 ( Ion) has 8 elements
Group 16 ( CL) has 8 elements
Group 17 ( Water_and_ions) has 36830 elements
Select a group: 4
Selected 4: 'Backbone'
同样的操作，结果是不一样的哦。gmx gyrate -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o gyrate.xvg
然后用ls命令查看文件，会很多文件
[root@localhost toturial]# ls
1AKI_newbox.gro md_0_1_noPBC.xtc npt.tpr
1AKI.pdb md_0_1_prev.cpt npt.trr
1AKI_processed.gro md_0_1.tpr nvt.cpt
1AKI_solv.gro md_0_1.trr nvt.edr
1AKI_solv_ions.gro md_0_1.xtc nvt.gro
density.xvg md.mdp nvt.log
em.edr mdout.mdp nvt.mdp
em.gro #mdout.mdp.1# nvt.tpr
em.log #mdout.mdp.2# nvt.trr
#em.log.1# #mdout.mdp.3# posre.itp
em.tpr #mdout.mdp.4# potential.xvg
em.trr #mdout.mdp.5# pressure.xvg
gyrate.xvg #mdout.mdp.6# temperature.xvg
ions.mdp minim.mdp #temp.topeDq1PE.1#
ions.tpr npt.cpt #temp.topJHYHo2.1#
md_0_1.cpt npt.edr topol.top
md_0_1.edr npt.gro #topol.top.1#
md_0_1.gro npt.log #topol.top.2#
md_0_1.log npt.mdp
这一步生成图像了
这也就完成了入门教程。
接下来分析阶段，摸索还是靠自己啊。