在分子模拟结束后要某部分的动态过程或者质子化系统，可以用gmx gprotonate （不适合5.1.x版本）实现：
案例：
gmx protonate -s step7_production.tpr -n index.ndx -f step7_production.xtc -o protein.gro
接下来我里面有protein、membrane、solvate，我选择protein进行单独查看，输出gro文件，也可以输出其他格式：
Command line:
gmx protonate -s step7_production.tpr -n index.ndx -f step7_production.xtc -o protein.gro
Reading file step7_production.tpr, VERSION 5.0.7 (single precision)
Reading file step7_production.tpr, VERSION 5.0.7 (single precision)
Select group to process:
Group 0 ( PROTEIN) has 660 elements
Group 1 ( MEMBRANE) has 1464 elements
Group 2 ( SOLUTE) has 1768 elements
Select a group: 0
Selected 0: 'PROTEIN'
Reading frame 0 time 0.000 Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/oplsaa.ff/aminoacids.hdb
这是命令的选项
gmx protonate [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nice] [-b] [-e]
[-dt]
然后可以用vmd看看效果了