2017-04-21 3960 0

由于分子动力学模拟过程比较长，经常会因为计算机出现问题（断电、程序出错、人为错误等），这样我们在运算的就会终止。 尤其是等我们运行几个小时的运算，突然终止对我们来说是非常恶心的。你想想，又要重头是多么恼火的事情啊。 gromacs团队已经考虑到这个问题了，所以呀可以在计算机恢复正常后继续接着运行，这就方便多了。 在mdrun -deffnm xxx ...

2017-04-17 1184 0

我们经常要在linux查看自己的硬件配置信息，比如硬盘，内存，CUP等，这里是linux下查看cup信息的命令： 查看物理cpu个数 grep 'physical id' /proc/cpuinfo | sort -u 查看核心数量 grep...

2017-04-17 2460 0

用vmd做膜可以之间用扩展进行，也可以用命令进行，比如我用命令 membrane -l POPE -x 46 -y 46 -o membrane -top c36 这里用了POPE脂质，x和y的长度为46，输出膜的名字是membrane（默认也是这个），用的是c36这个top文件 大概一会就生成膜了。 这个是使用说明： ...

2017-04-14 1848 0

在linux下新建用户并指定根目录的方法 useradd -d /home/weibingsheng/lanlan -g weibingsheng -G wheel lanlan 解释： -d 是指定根目录/home/weibingsheng/lanlan -g 是指定用户的主要组weibingsheng ...

2017-04-09 1162 0

先抛出我从本地linux服务器复制文件到另一个Linux系统的命令： scp -r /home/wbs/design/mem/proteinmem/ tingguang@172.19.168.197:/home/tingguang/weibingsheng/mem/martini/proteinmem/test5/charmm-gui/gromacs 解释如下： ...

2017-04-08 1179 0

虽然您可以随时自行添加 HTTPS 的前缀，但是在某些情况下网页总是会自动跳到没有加密的状态，这些状态可能出现在 Google 各个网页之间的跳转，以及搜索结果链接点击之后，这会影响您的正常使用体验，因此我们建议您强制 HTTPS 连接。 在 Chrome 浏览器上输入链接 chrome://net-internals/#hsts （可复制此地址粘贴到地址栏），回车。...

2017-04-07 2081 0

方法 我们进行了不同的模拟，以了解与脂质双层的蜂毒肽相互作用的不同阶段; I）其平行于表面构象的初始吸附到双层表面，随后II）将肽从平行于跨膜构象重新取向。 我a）将蜂毒素从水中结合到双层：伞取样模拟。要了解蜂毒肽与双层结合的热力学，需要找到结合自由能。这需要非常大的计算来适当地对肽的所有构型进行适当的采样。在肽不...

2017-04-19 2500 0

分子模拟过程出现段错误的原因有几个： 盒子太小，所计算的能量等消失导致段错误，重新设置盒子大小后再次模拟即可 内存超出范围导致段错误 步长过大导致段错误(案例：10W步中途段错误，改成5W步不出现错误） ...

2017-04-12 4804 0

基本步骤： 用vmd的扩展工具新建膜（支持POPC/POPE），设置大小，然后输入膜的名称（membrane）。 把蛋白质文件（PDB）拉到vmd中，用vmd的psfgen工具生成protein.psf文件。我用的是VMD里面扩展工具自动生成。 把生成后的蛋白质和膜组合，移动到合适的位置。 保存膜...

2017-04-04 1204 0

vi 命令是用来在终端编辑文件的，用vim是vi的升级版，直接用 vim代替vi更好。下面说说几个常用的vi命令： 1.vim [文件名] 这命令是编辑某个文件的，如果没有该文件则会创建一个新的文件。比如我要编辑topol.top文件：vim topol.top 回车后进入vim文件编辑窗口。 2.在vim 中按键盘的‘i’键后进入“编辑/插入”状态，此时可以编辑修改你的文件或者新建...