活到老学到了，我也不怕你笑——Brisklan。
正常结束模拟后，如果觉得模拟时间让人觉得不够长时，可以使用tpbconv写一个延长模拟的tpr文件，一般格式如下： tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -extend 1000 -o newtopol.tpr 1000表示延长步数 5.0.x 用的是gmx convert-tpr命令 example: ...
用gromacs直接组合完整的分子的这样也很好用，只是有些出到周期边界了，需要VMD结合使用。 gmx trjconv -s npt.tpr -f prod.xtc -o prod_whole.xtc -pbc whole 使用VMD的pbc命令显示完整分子 VMD提供了一个pbc命令, 也可用于对体系的PBC进行处理. 如果只是用于论文作图...
在分子模拟结束后要某部分的动态过程或者质子化系统，可以用gmx gprotonate （不适合5.1.x版本）实现： 案例： gmx protonate -s step7_production.tpr -n index.ndx -f step7_production.xtc -o protein.gro 接下来我里面有protein、membrane、solva...
毕业论文格式 毕业论文格式就是指进行论文写作时的样式要求，以及写作标准，直观地说，论文格式就是论文达到可公之于众的标准样式和 内容要求。一般说来，一篇毕业论文要具备相对固定的格式，包含：①论文题目②“摘要”与“关键词”③引论④正论⑤结论⑥毕业论文致谢⑦注释与参考资料⑧附 录。 1.格式要求 ...
用speedtest进行对linux系统的网络测试。首先下载speedtest的脚本并配置： $ wget https://raw.githubusercontent.com/sivel/speedtest-cli/master/speedtest.py $ chmod a+rx ./speedtest.py $ sudo mv speedtest.py /u...
1 of the 4956 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.4 nm) or the two-body cut-off distance (1.4 nm), see o...
由于分子动力学模拟过程比较长，经常会因为计算机出现问题（断电、程序出错、人为错误等），这样我们在运算的就会终止。 尤其是等我们运行几个小时的运算，突然终止对我们来说是非常恶心的。你想想，又要重头是多么恼火的事情啊。 gromacs团队已经考虑到这个问题了，所以呀可以在计算机恢复正常后继续接着运行，这就方便多了。 在mdrun -deffnm xxx ...
我们经常要在linux查看自己的硬件配置信息，比如硬盘，内存，CUP等，这里是linux下查看cup信息的命令： 查看物理cpu个数 grep 'physical id' /proc/cpuinfo | sort -u 查看核心数量 grep...
用vmd做膜可以之间用扩展进行，也可以用命令进行，比如我用命令 membrane -l POPE -x 46 -y 46 -o membrane -top c36 这里用了POPE脂质，x和y的长度为46，输出膜的名字是membrane（默认也是这个），用的是c36这个top文件 大概一会就生成膜了。 这个是使用说明： ...
在linux下新建用户并指定根目录的方法 useradd -d /home/weibingsheng/lanlan -g weibingsheng -G wheel lanlan 解释： -d 是指定根目录/home/weibingsheng/lanlan -g 是指定用户的主要组weibingsheng ...
