2017-05-31 4769 0

在模拟完成后经常因为分子超出边界而导致分子不完整，那么gmx trjconv可以保持分子的完整性。 gmx trjconv也可以将模拟补数设置为ns，fs，ms等时间单位，方便观察。运行gmx trjconv -h可以查看相关设置。 用法：gmx trjconv -f product.xtc -o pbc-ns.xtc  -tu ns  -pbc ...

2017-05-28 1244 0

tar -c: 建立压缩档案 -x：解压 -t：查看内容 -r：向压缩归档文件末尾追加文件 -u：更新原压缩包中的文件 这五个是独立的命令，压缩解压都要用到其中一个，可以和别的命令连用但只能用其中一个。下面的参数是根据需要在压缩或解压档案时可选的。 -z：有gzip属性的 -j：有bz2属性的 -Z：有compress属性的 -v：显示所有过程 -O：将文件解开到标准...

2017-05-09 3647 0

上一篇介绍了在linux下将大文件分割的例子，可以看“linux下用split分割文件”这里。 我已经用xshell下载了由5.5G分割后的几个文件，然后就是在window系统下面合并这几个文件了， 当然可以去找一下相关的软件进行合并。但是我喜欢直接用Windows自带的命令（copy /b ）进行对文件的合并。 下面是我合并的例子： ...

2017-05-09 1642 0

有时候需要将linux文件远程下载，而用sz命令结合xshell和方便，但是当你要下载一个大于4G的文件时，就会提示文件过大了。当然可以用其它下载工具，比如FlashFxp等。 简单的方法就是分割文件下载下来再合并，在linux合并可以用cat不用说了。现在分割一个5.5G的大文件。 运行split --help可以出来split的使用说明： [tin...

2017-05-02 2494 0

为了方便查找内容，不免要在网站添加搜索功能，要注意的是搜索虽然方便可是也增加了对数据库查询的压力。 所以啊，搜索是双刃剑，用的时候还是要注意场合，做一下优化之类的。 我用的是thinkphp，在博客也加个搜索功能，但是我只想搜索标题中含有的，别浪费太多资源搜索全文了 下面开始举例子： 这是thinkphp里面一个function： ...

2017-05-01 3043 0

在Linux系统中对文件的操作，经常要现在最近改动的东西，用ll可以选择显示最新的改动文件 用“ll -ht”命令可以按时间排序并显示文件的大小，可是文件太多了就不好看结果了。 用“ll -h | head -n 10” 命令是显示文件的大小并只显示最近的10个文件。 下面是ll -h |head -n 10的案例： [tingguan...

2017-04-26 10556 0

因为要用分子动力学研究我们的分子如何运作的，那么我们就需要对过程进行分析。我们一般用最终的gro文件和xtc轨迹文件进行动态分析。而将一段一段的轨迹（各个阶段的平衡轨迹和产品轨迹）下载下来后慢慢载入这样比较慢，也很麻烦。gromacs的设计者们提供了一个很方便的命令，就是gmx grjcat（5.0x版本以上）命令，这个命令可以将各个阶段的xtc组合成一个，然后用合并的就可以全程分析 了，多...

2017-04-26 2953 0

正常结束模拟后，如果觉得模拟时间让人觉得不够长时，可以使用tpbconv写一个延长模拟的tpr文件，一般格式如下： tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -extend 1000 -o newtopol.tpr 1000表示延长步数 5.0.x 用的是gmx convert-tpr命令 example:   ...

2017-05-03 11684 0

用gromacs直接组合完整的分子的这样也很好用，只是有些出到周期边界了，需要VMD结合使用。 gmx trjconv -s npt.tpr -f prod.xtc -o prod_whole.xtc -pbc whole 使用VMD的pbc命令显示完整分子 VMD提供了一个pbc命令, 也可用于对体系的PBC进行处理. 如果只是用于论文作图...

2017-04-24 2379 0

在分子模拟结束后要某部分的动态过程或者质子化系统，可以用gmx gprotonate （不适合5.1.x版本）实现： 案例：  gmx protonate -s step7_production.tpr -n index.ndx -f step7_production.xtc -o protein.gro 接下来我里面有protein、membrane、solva...