活到老学到了，我也不怕你笑——Brisklan。
有时候需要将linux文件远程下载，而用sz命令结合xshell和方便，但是当你要下载一个大于4G的文件时，就会提示文件过大了。当然可以用其它下载工具，比如FlashFxp等。 简单的方法就是分割文件下载下来再合并，在linux合并可以用cat不用说了。现在分割一个5.5G的大文件。 运行split --help可以出来split的使用说明： [tin...
为了方便查找内容，不免要在网站添加搜索功能，要注意的是搜索虽然方便可是也增加了对数据库查询的压力。 所以啊，搜索是双刃剑，用的时候还是要注意场合，做一下优化之类的。 我用的是thinkphp，在博客也加个搜索功能，但是我只想搜索标题中含有的，别浪费太多资源搜索全文了 下面开始举例子： 这是thinkphp里面一个function： ...
在Linux系统中对文件的操作，经常要现在最近改动的东西，用ll可以选择显示最新的改动文件 用“ll -ht”命令可以按时间排序并显示文件的大小，可是文件太多了就不好看结果了。 用“ll -h | head -n 10” 命令是显示文件的大小并只显示最近的10个文件。 下面是ll -h |head -n 10的案例： [tingguan...
因为要用分子动力学研究我们的分子如何运作的，那么我们就需要对过程进行分析。我们一般用最终的gro文件和xtc轨迹文件进行动态分析。而将一段一段的轨迹（各个阶段的平衡轨迹和产品轨迹）下载下来后慢慢载入这样比较慢，也很麻烦。gromacs的设计者们提供了一个很方便的命令，就是gmx grjcat（5.0x版本以上）命令，这个命令可以将各个阶段的xtc组合成一个，然后用合并的就可以全程分析 了，多...
正常结束模拟后，如果觉得模拟时间让人觉得不够长时，可以使用tpbconv写一个延长模拟的tpr文件，一般格式如下： tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -extend 1000 -o newtopol.tpr 1000表示延长步数 5.0.x 用的是gmx convert-tpr命令 example: ...
用gromacs直接组合完整的分子的这样也很好用，只是有些出到周期边界了，需要VMD结合使用。 gmx trjconv -s npt.tpr -f prod.xtc -o prod_whole.xtc -pbc whole 使用VMD的pbc命令显示完整分子 VMD提供了一个pbc命令, 也可用于对体系的PBC进行处理. 如果只是用于论文作图...
在分子模拟结束后要某部分的动态过程或者质子化系统，可以用gmx gprotonate （不适合5.1.x版本）实现： 案例： gmx protonate -s step7_production.tpr -n index.ndx -f step7_production.xtc -o protein.gro 接下来我里面有protein、membrane、solva...
毕业论文格式 毕业论文格式就是指进行论文写作时的样式要求，以及写作标准，直观地说，论文格式就是论文达到可公之于众的标准样式和 内容要求。一般说来，一篇毕业论文要具备相对固定的格式，包含：①论文题目②“摘要”与“关键词”③引论④正论⑤结论⑥毕业论文致谢⑦注释与参考资料⑧附 录。 1.格式要求 ...
用speedtest进行对linux系统的网络测试。首先下载speedtest的脚本并配置： $ wget https://raw.githubusercontent.com/sivel/speedtest-cli/master/speedtest.py $ chmod a+rx ./speedtest.py $ sudo mv speedtest.py /u...
1 of the 4956 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.4 nm) or the two-body cut-off distance (1.4 nm), see o...
