在linux下的tree命令，以树状图列出目录的内容。
首先要安装这个小工具：sudo apt-get install tree
然后就可以运行了：
wbs@lan:design$ ls
test translate.docx tutorialwbs@lan:design$ tree
.
├── test
│ ├── file
│ │ └── melittin.pdb
│ └── one
│ ├── chainA.jpg
│ ├── chainA.pdb
│ ├── helix.pdb
│ └── melittin.pdb
├── translate.docx
└── tutorial
├── 1AKI
│ ├── files
│ │ ├── 1aki.pdb
│ │ ├── ions.mdp
│ │ ├── md.mdp
│ │ ├── minim.mdp
│ │ ├── npt.mdp
│ │ └── nvt.mdp
│ ├── test1
│ │ ├── 1aki_newbox.gro
│ │ ├── 1aki.pdb
│ │ ├── 1aki_processed.gro
│ │ ├── 1aki_solv.gro
│ │ ├── 1aki_solv_inos.gro
│ │ ├── density.xvg
│ │ ├── em.edr
│ │ ├── em.gro
│ │ ├── em.log
│ │ ├── em.tpr
│ │ ├── em.trr
│ │ ├── energy.xvg
│ │ ├── #energy.xvg.1#
│ │ ├── finishedandsuccess.me
│ │ ├── gyrate.xvg
│ │ ├── ions.mdp
│ │ ├── ion.tpr
│ │ ├── md_0_1.cpt
│ │ ├── md_0_1.edr
│ │ ├── md_0_1.gro
│ │ ├── md_0_1.log
│ │ ├── md_0_1_noPBC.xtc
│ │ ├── md_0_1.pdb
│ │ ├── md_0_1_prev.cpt
│ │ ├── md_0_1.tpr
│ │ ├── md_0_1.trr
│ │ ├── md_0_1.xtc
│ │ ├── md.mdp
│ │ ├── mdout.mdp
│ │ ├── #mdout.mdp.1#
│ │ ├── #mdout.mdp.2#
│ │ ├── #mdout.mdp.3#
│ │ ├── #mdout.mdp.4#
│ │ ├── minim.mdp
│ │ ├── npt.cpt
│ │ ├── npt.edr
│ │ ├── npt.gro
│ │ ├── npt.log
│ │ ├── npt.mdp
│ │ ├── npt_prev.cpt
│ │ ├── npt.tpr
│ │ ├── npt.trr
│ │ ├── nvt.cpt
│ │ ├── nvt.edr
│ │ ├── nvt.gro
│ │ ├── nvt.log
│ │ ├── nvt.mdp
│ │ ├── nvt_prev.cpt
│ │ ├── nvt-temperature.xvg
│ │ ├── nvt.tpr
│ │ ├── nvt.trr
│ │ ├── posre.itp
│ │ ├── potential.xvg
│ │ ├── pressure.xvg
│ │ ├── rmsd.xtal.xvg
│ │ ├── rmsd.xvg
│ │ ├── topol.top
│ │ ├── #topol.top.1#
│ │ └── #topol.top.2#
│ └── test2
│ ├── 1aki.pdb
│ ├── ions.mdp
│ ├── md.mdp
│ ├── minim.mdp
│ ├── npt.mdp
│ └── nvt.mdp
└── martini
└── protein
├── files
│ ├── 1UBQ.pdb
│ ├── dynamic.mdp
│ ├── equilibration.mdp
│ ├── hiv-1_protease.tgz
│ ├── martini_v2.2_aminoacids.itp
│ ├── martini_v2.2.itp
│ ├── martinize.py
│ ├── minimization.mdp
│ ├── minimization-vaccum.mdp
│ ├── soluble-protein
│ │ └── hiv-1_protease
│ │ ├── elnedyn
│ │ │ ├── 1A8G-CG.pdb
│ │ │ ├── 1A8G.pdb
│ │ │ ├── chain_A.ssd
│ │ │ ├── chain_B.ssd
│ │ │ ├── COMMANDS
│ │ │ ├── dynamic.cpt
│ │ │ ├── dynamic.edr
│ │ │ ├── dynamic.gro
│ │ │ ├── dynamic.log
│ │ │ ├── dynamic.mdp
│ │ │ ├── dynamic_prev.cpt
│ │ │ ├── dynamic.tpr
│ │ │ ├── dynamic.xtc
│ │ │ ├── equilibration-posres-10fs.cpt
│ │ │ ├── equilibration-posres-10fs.edr
│ │ │ ├── equilibration-posres-10fs.gro
│ │ │ ├── equilibration-posres-10fs.log
│ │ │ ├── equilibration-posres-10fs.mdp
│ │ │ ├── equilibration-posres-10fs_prev.cpt
│ │ │ ├── equilibration-posres-10fs.tpr
│ │ │ ├── equilibration-posres-10fs.xtc
│ │ │ ├── equilibration-posres-20fs.cpt
│ │ │ ├── equilibration-posres-20fs.edr
│ │ │ ├── equilibration-posres-20fs.gro
│ │ │ ├── equilibration-posres-20fs.log
│ │ │ ├── equilibration-posres-20fs.mdp
│ │ │ ├── equilibration-posres-20fs_prev.cpt
│ │ │ ├── equilibration-posres-20fs.tpr
│ │ │ ├── equilibration-posres-20fs.xtc
│ │ │ ├── martini_v2.2.itp
│ │ │ ├── martinize.py
│ │ │ ├── mdout.mdp
│ │ │ ├── minimization.edr
│ │ │ ├── minimization.gro
│ │ │ ├── minimization.log
│ │ │ ├── minimization.mdp
│ │ │ ├── minimization.tpr
│ │ │ ├── minimization.trr
│ │ │ ├── minimization-vaccum.edr
│ │ │ ├── minimization-vaccum.gro
│ │ │ ├── minimization-vaccum.log
│ │ │ ├── minimization-vaccum.mdp
│ │ │ ├── minimization-vaccum.tpr
│ │ │ ├── minimization-vaccum.trr
│ │ │ ├── Protein_A.itp
│ │ │ ├── Protein_B.itp
│ │ │ ├── system-solvated.gro
│ │ │ ├── system.top
│ │ │ └── water-box-CG_303K-1bar.gro
│ │ ├── martini
│ │ │ ├── 1A8G-CG.pdb
│ │ │ ├── 1A8G.pdb
│ │ │ ├── chain_A.ssd
│ │ │ ├── chain_B.ssd
│ │ │ ├── COMMANDS
│ │ │ ├── dynamic.cpt
│ │ │ ├── dynamic.edr
│ │ │ ├── dynamic.gro
│ │ │ ├── dynamic.log
│ │ │ ├── dynamic.mdp
│ │ │ ├── dynamic_prev.cpt
│ │ │ ├── dynamic.tpr
│ │ │ ├── dynamic.xtc
│ │ │ ├── equilibration.cpt
│ │ │ ├── equilibration.edr
│ │ │ ├── equilibration.gro
│ │ │ ├── equilibration.log
│ │ │ ├── equilibration.mdp
│ │ │ ├── equilibration_prev.cpt
│ │ │ ├── equilibration.tpr
│ │ │ ├── equilibration.xtc
│ │ │ ├── martini_v2.2.itp
│ │ │ ├── martinize.py
│ │ │ ├── mdout.mdp
│ │ │ ├── minimization.edr
│ │ │ ├── minimization.gro
│ │ │ ├── minimization.log
│ │ │ ├── minimization.mdp
│ │ │ ├── minimization.tpr
│ │ │ ├── minimization.trr
│ │ │ ├── minimization-vaccum.edr
│ │ │ ├── minimization-vaccum.gro
│ │ │ ├── minimization-vaccum.log
│ │ │ ├── minimization-vaccum.mdp
│ │ │ ├── minimization-vaccum.tpr
│ │ │ ├── minimization-vaccum.trr
│ │ │ ├── Protein_A.itp
│ │ │ ├── Protein_B.itp
│ │ │ ├── system-solvated.gro
│ │ │ ├── system.top
│ │ │ └── water-box-CG_303K-1bar.gro
│ │ └── martini_elastic-network
│ │ ├── 1A8G-CG.pdb
│ │ ├── 1A8G.pdb
│ │ ├── chain_A.ssd
│ │ ├── chain_B.ssd
│ │ ├── COMMANDS
│ │ ├── dynamic.cpt
│ │ ├── dynamic.edr
│ │ ├── dynamic.gro
│ │ ├── dynamic.log
│ │ ├── dynamic.mdp
│ │ ├── dynamic_prev.cpt
│ │ ├── dynamic.tpr
│ │ ├── dynamic.xtc
│ │ ├── equilibration-posres-10fs.cpt
│ │ ├── equilibration-posres-10fs.edr
│ │ ├── equilibration-posres-10fs.gro
│ │ ├── equilibration-posres-10fs.log
│ │ ├── equilibration-posres-10fs.mdp
│ │ ├── equilibration-posres-10fs_prev.cpt
│ │ ├── equilibration-posres-10fs.tpr
│ │ ├── equilibration-posres-10fs.xtc
│ │ ├── equilibration-posres-20fs.cpt
│ │ ├── equilibration-posres-20fs.edr
│ │ ├── equilibration-posres-20fs.gro
│ │ ├── equilibration-posres-20fs.log
│ │ ├── equilibration-posres-20fs.mdp
│ │ ├── equilibration-posres-20fs_prev.cpt
│ │ ├── equilibration-posres-20fs.tpr
│ │ ├── equilibration-posres-20fs.xtc
│ │ ├── martini_v2.2.itp
│ │ ├── martinize.py
│ │ ├── mdout.mdp
│ │ ├── minimization.edr
│ │ ├── minimization.gro
│ │ ├── minimization.log
│ │ ├── minimization.mdp
│ │ ├── minimization.tpr
│ │ ├── minimization.trr
│ │ ├── minimization-vaccum.edr
│ │ ├── minimization-vaccum.gro
│ │ ├── minimization-vaccum.log
│ │ ├── minimization-vaccum.mdp
│ │ ├── minimization-vaccum.tpr
│ │ ├── minimization-vaccum.trr
│ │ ├── Protein_A.itp
│ │ ├── Protein_B.itp
│ │ ├── system-solvated.gro
│ │ ├── system.top
│ │ ├── test1
│ │ │ ├── 1A8G.pdb
│ │ │ └── martinize.py
│ │ └── water-box-CG_303K-1bar.gro
│ └── water-box-CG_303K-1bar.gro
├── test1
│ ├── 1ubq-cg.gro
│ ├── 1ubq-cg.pdb
│ ├── 1UBQ.pdb
│ ├── chain_A.ssd
│ ├── dynamic-backbone.pdb
│ ├── dynamic.cpt
│ ├── dynamic.edr
│ ├── dynamic.gro
│ ├── dynamic.log
│ ├── dynamic.mdp
│ ├── dynamic-sys.pdb
│ ├── dynamic.tpr
│ ├── dynamic.xtc
│ ├── equilibration.cpt
│ ├── equilibration.edr
│ ├── equilibration.gro
│ ├── equilibration.log
│ ├── equilibration.mdp
│ ├── equilibration.tpr
│ ├── equilibration.xtc
│ ├── martini.itp
│ ├── martini_v2.2_aminoacids.itp
│ ├── martini_v2.2.itp
│ ├── martinize.py
│ ├── mdout.mdp
│ ├── #mdout.mdp.1#
│ ├── #mdout.mdp.2#
│ ├── #mdout.mdp.3#
│ ├── #mdout.mdp.4#
│ ├── #mdout.mdp.5#
│ ├── #mdout.mdp.6#
│ ├── minimization.edr
│ ├── minimization.gro
│ ├── minimization.log
│ ├── minimization.mdp
│ ├── minimization.tpr
│ ├── minimization.trr
│ ├── minimization-vaccum.edr
│ ├── minimization-vaccum.gro
│ ├── minimization-vaccum.log
│ ├── minimization-vaccum.mdp
│ ├── minimization-vaccum.tpr
│ ├── minimization-vaccum.trr
│ ├── Protein_A.itp
│ ├── system-solvated.gro
│ ├── system.top
│ └── water-box-CG_303K-1bar.gro
└── test2
├── 1UBQ-CG.gro
├── 1UBQ-CG.pdb
├── 1UBQ.pdb
├── chain_A.ssd
├── equilibration.cpt
├── equilibration.edr
├── equilibration.gro
├── equilibration.log
├── equilibration.mdp
├── equilibration.tpr
├── equilibration.xtc
├── martini.itp
├── martini_v2.2.itp
├── martinize.py
├── mdout.mdp
├── #mdout.mdp.1#
├── #mdout.mdp.2#
├── #mdout.mdp.3#
├── minimization.edr
├── minimization.gro
├── minimization.log
├── minimization.mdp
├── minimization.tpr
├── minimization.trr
├── minimization-vaccum.edr
├── minimization-vaccum.gro
├── minimization-vaccum.log
├── minimization-vaccum.mdp
├── minimization-vaccum.tpr
├── minimization-vaccum.trr
├── Protein_A.itp
├── system-solvated.gro
├── system-vaccum.top
└── water-box-CG_303K-1bar.gro
19 directories, 309 files
wbs@lan:design$
层级关系一目了然。