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//*********************4.5.3////
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pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p protein.top -ignh
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grompp -v -f minim.mdp -c protein-water.gro -p protein.top -o protein-water.tpr////File input/output error:minim.mdp
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genion -s protein-water.tpr -o protein-solvated.gro -conc 0.15 -neutral -pname NA+ -nname CL-
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grompp -v -f minim.mdp -c protein-solvated.gro -p protein.top -o protein-EM-solvated.tpr
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mdrun -v -deffnm protein-EM-solvated -c protein-EM-solvated.gro
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grompp -v -f pr.mdp -c protein-EM-solvated.gro -p protein.top -o protein-PR.tpr
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mdrun -v -deffnm protein-PR
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g_energy -f protein-PR.edr -o thermodynamics-PR.xvg
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xmgrace -nxy thermodynamics-PR.xvg
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grompp -v -f nvt.mdp -c protein-PR.gro -p protein.top -o protein-NVT.tpr
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mdrun -v -deffnm protein-NVT
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g_energy -f protein-NVT.edr -o thermodynamics-NVT.xvg
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grompp -v -f npt.mdp -c protein-NVT.gro -p protein.top -o protein-NPT.tpr
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mdrun -v -deffnm protein-NPT
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g_energy -f protein-NPT.edr -o thermodynamics-NPT.xvg
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g_energy -f protein-NPT.edr -o density-NPT.xvg
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grompp -v -f md.mdp -c protein-NPT.gro -p protein.top -o topol.tpr
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mdrun -v
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gmxdump -s topol.tpr | less
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