gmx grjconv,pbc whole,pbc nojump
gmx

gmx trjconv 保持分子完整性,pbc周期边界设置

959 0

在模拟完成后经常因为分子超出边界而导致分子不完整,那么gmx trjconv可以保持分子的完整性。 gmx trjconv也可以将模拟补数设置为ns,fs,ms等时间单位,方便观察。运行gmx trjconv -h可以查看相关设置。 用法:gmx trjconv -f product.xtc -o pbc-ns.xtc  -tu ns  -pbc ...

gmx trjcat
gmx

gmx trjcat 合并几个xtc文件-让轨迹连通在一起

3297 0

因为要用分子动力学研究我们的分子如何运作的,那么我们就需要对过程进行分析。我们一般用最终的gro文件和xtc轨迹文件进行动态分析。而将一段一段的轨迹(各个阶段的平衡轨迹和产品轨迹)下载下来后慢慢载入这样比较慢,也很麻烦。gromacs的设计者们提供了一个很方便的命令,就是gmx grjcat(5.0x版本以上)命令,这个命令可以将各个阶段的xtc组合成一个,然后用合并的就可以全程分析 了,多...

gromacs mdrun, gromacs  tpbconv
gmx

gromacs 追加步数

756 0

正常结束模拟后,如果觉得模拟时间让人觉得不够长时,可以使用tpbconv写一个延长模拟的tpr文件,一般格式如下: tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -extend 1000 -o newtopol.tpr 1000表示延长步数 5.0.x 用的是gmx convert-tpr命令 example:   ...

VMD pbc
gmx

gromacs之pbc显示完整分子和使用VMD的pbc命令显示完整分子

3206 0

用gromacs直接组合完整的分子的这样也很好用,只是有些出到周期边界了,需要VMD结合使用。 gmx trjconv -s npt.tpr -f prod.xtc -o prod_whole.xtc -pbc whole 使用VMD的pbc命令显示完整分子 VMD提供了一个pbc命令, 也可用于对体系的PBC进行处理. 如果只是用于论文作图...

gxm protonate
gmx

gmx protonate 质子化

661 0

在分子模拟结束后要某部分的动态过程或者质子化系统,可以用gmx gprotonate (不适合5.1.x版本)实现: 案例:  gmx protonate -s step7_production.tpr -n index.ndx -f step7_production.xtc -o protein.gro 接下来我里面有protein、membrane、solva...

致命错误
gmx

mdrun 又一个致命错误解决

676 0

1 of the 4956 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.4 nm) or the two-body cut-off distance (1.4 nm), see o...

gmx mdrun -cpi,npt
gmx

gmx mdrun 续跑

989 0

由于分子动力学模拟过程比较长,经常会因为计算机出现问题(断电、程序出错、人为错误等),这样我们在运算的就会终止。 尤其是等我们运行几个小时的运算,突然终止对我们来说是非常恶心的。你想想,又要重头是多么恼火的事情啊。 gromacs团队已经考虑到这个问题了,所以呀可以在计算机恢复正常后继续接着运行,这就方便多了。 在mdrun -deffnm xxx ...

段错误,gromacs段错误
gmx

gromacs段错误问题

593 0

分子模拟过程出现段错误的原因有几个: 盒子太小,所计算的能量等消失导致段错误,重新设置盒子大小后再次模拟即可 内存超出范围导致段错误 步长过大导致段错误(案例:10W步中途段错误,改成5W步不出现错误) ...

output pdb file
gmx

gromacs最终合并输出pdb文件

1701 0

为了方便使用可视化软件查看模拟的结果,经常需要将结果合并成pdb等文件,然后用shell远程下载文件后查看。 用trjconv 命令合并生产文件,-s 输入tpr能量文件,-f 输入xtc文件,最后-o表示输出文件。-pbc 后面的 是表示读取里面的数据,后面需要选择,命令如下: trjconv -s dppc-md.tpr -f dppc-md.x...

gromacs5.x,gromacs install
gmx

gromacs5.x 在amd上安装问题

546 0

尴尬的事总会发生,我说说我在自己电脑安装gromacs的尴尬事情: 首先是各种尝试安装始终失败,不管是ubuntu 还是centos7,又或者linux mint 等,结果都失败了,不是FFTW问题就是CMAKE或者环境配置问题。 好不容易安装好了gromacs5.0.6,然后进行测试,结果出现一堆错误,都是amd的问题! 将 -DGMX-...