vmd做膜,vmd make membrane,vmd membrane
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vmd 做膜

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用vmd做膜可以之间用扩展进行,也可以用命令进行,比如我用命令 membrane -l POPE -x 46 -y 46 -o membrane -top c36 这里用了POPE脂质,x和y的长度为46,输出膜的名字是membrane(默认也是这个),用的是c36这个top文件 大概一会就生成膜了。 这个是使用说明: ...

vmd生成膜和插入蛋白质
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用VMD生成脂质膜并插入蛋白质

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基本步骤: 用vmd的扩展工具新建膜(支持POPC/POPE),设置大小,然后输入膜的名称(membrane)。 把蛋白质文件(PDB)拉到vmd中,用vmd的psfgen工具生成protein.psf文件。我用的是VMD里面扩展工具自动生成。 把生成后的蛋白质和膜组合,移动到合适的位置。 保存膜...

vmd学习
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VMD学习记录

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VMD是可视化常用的工具。 对盒子的操作: 1.打开vmd的安装目录; 2.找到vmd.rc文件,在文件中添加一行“source vmd_draw_unitcell.tcl”;(C盘的话有可能不能写入,最好复制到桌面,修改完直接粘贴到文件路径下覆盖即可) 3.设置盒子参数,如边长为60,60,60 则在命令窗口输入“moli...

vmd命令
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VMD命令大全(转)

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VMD的console是十分强大的,也提供了很多内置命令,这里把当年研究VMD内置命令的笔记的一小部分发上来。和user guide有相似之处,但是我都尽量写成例子的形式来说明,绝大部分都是亲自试过的。可能当时有些地方写的不准确,也不完整,但是现在也懒得check了。有疑问还是对照user guide中的严格说法。   *****一些额外内容***** VMD里面所有行为,都可...